常规农业以大量的化肥来维持产量，不合理施用化肥导致土壤有机质含量降低。但有机农业理论认为土壤是个有生命的系统，施肥首先是培育土壤，再通过土壤微生物的作用来供应作物养分。因此，有机农业要求利用有机肥和合理的轮作来培肥土壤，提高土壤有机质含量和腐殖质质量。根据有机生产为一相对封闭的养分循环的原理，一方面投入土壤的有机物质应尽可能地来自本系统，也即要尽可能地将系统内的所有有机物质归还土壤，另一方面是所投入的有机物质要保持一定的矿化分解速率，以满足作物生长的需要，另外有机生产过程中还要尽可能地提高土壤有机物质的腐殖化系数，减少土壤养分的流失，提高养分的利用率。因此有机农业土壤培肥与土壤有机质的腐殖化与矿化有密切的关系。