畜牧业生产中的恶臭主要来自粪便、饲料发酵和家畜呼吸等，臭气的主要化合物有二氧化碳、氨、硫化氢、甲烷、吲哚、粪臭素(甲基吲哚)以及脂肪族的醛类、硫醇、胺类等。臭气中的氨气、硫化氢和甲烷等，浓度低时可降低畜禽的生产性能，浓度高时可使幼畜中毒死亡，使养殖工作人员健康受损，易患呼吸道疾病。如果粪便排出后不能及时处理会使臭味增加，危害人畜的健康。 

      畜禽粪尿是畜产废弃物中数量最多、危害最严重的污染源。畜禽每天排出的粪尿量相当于体重的5%-8%。据测定：一个10万只鸡场，年产鸡粪可达3600t，鸡粪中BOD5总量为人粪尿的0.7倍；一个5000头的猪场每天排出的粪尿约10t，一头猪的排泄量相当于2个人的排泄量，猪粪尿中BOD5总量为人粪尿的13倍。畜禽粪尿不仅数量大，其所含的污染物数量和种类也非常多，主要包括：粪尿本身及其分解物所含的恶臭成分，粪尿厌氧条件下分解产生的大量硫化氢、氨、醇类、酚类、酰胺类、胺类和吲哚等有机物，大量的病原菌和微生物以及重金属和兽药等。这些物质可通过大气、水体和土壤污染环境，产生恶臭，刺激人畜呼吸道，引起呼吸道疾病及导致畜禽生产力下降；招引蚊蝇，孳生和传播疾病；污染饮用水、土壤和农作物，传播人畜共患病及畜禽传染病。