一、家畜禽粪肥类 
　　 
　　家畜禽(鸡猪等)粪含氮、磷、钾和有机质及一些中微量等元素，其氮磷钾比例为1:0.53:1.08，其磷钾比远高于现在化肥施用比例。是倍受菜农青睐、在大棚蔬菜生产中较常用且用量较大的一种有机肥。利用家畜禽肥代替化肥，由于家畜禽肥中含氮、磷、钾量低，必须注意适量施用，以防因家畜禽肥施用过量而引起作物生长障碍。同时鸡猪在饲养过程中添加了食盐和激素及抗生素等，据统计每方粪大约含2～3公斤的氯化钠，大量的激素和抗生素等会对蔬菜生育造成不利影响，大量不科学施用会在几年内出现老棚现象。 
　　 
　　二、商品有机肥 
　　 
　　商品有机肥多含功能性生物菌，利用有机肥中所含微生物菌在土壤中繁殖产生大量有机酸(分解固化磷、钾以及微量元素1和次生代谢物质(抗生素和生长刺激素)及腐殖质等，可抑制土壤中的病菌和调节作物生长及螯和土壤中的微量元素，是大棚首选的肥料。但微生物在土壤中要存活和大量繁殖才能发挥应有的作用，这需要几个条件：(1)土壤中碳氮比例15～20：1；(2)地温20℃左右；(3)土壤的通气性好；(4)土壤的酸碱性和湿度适宜；其中土壤中大量的有机质是决定条件。同时要注意：不同土壤对微生物的承载都有一个数量极限，只是不同的土壤的承载极限不同。在大棚生产中。光靠施用有机肥料远远不能满足蔬菜一生中的营养要求，还应与化肥结合起来施用。同时在选用商品有机肥时要注意原料来源和重金属及有毒害物质含量的问题，并不是所有的商品有机肥都可在蔬菜上使用。 
　　 
　　三、秸秆类有机肥 
　　 
　　作物秸秆富含纤维素、术质素等富碳物质(约占40％)能为微生物提供所需的能源，增加土壤有机质，改善土壤物理与生物性能：并含有一定数量的氮、磷、钾以及各种微量元素，可陆续地释放出来为作物所利用。秸秆制作为有机肥，是增加土壤有机质和提高作物产量的一项有效措施，其利用有多种方法，如过腹还田、堆沤、直接翻压还田、秸秆盖田等。可作为改良老棚的首选有机肥料，但在秸秆碳／氮较高时。要添加一定量的氮素进行调节。 
　　 
　　四、注意事项 
　　 
　　1.必须腐熟后再施用 
　　蔬菜根系可以吸收气态、离子态和分子态养分，其中离子态的养分最容易被植物吸收。新鲜的有机肥只有经过充分腐熟，所含的有机态养分逐渐转化成离子态养分后才能被作物吸收利用。因此有机肥必须充分发酵腐熟后再施用，一是促其养分分解，有利作物吸收和促进有毒害物质及中间产物降解；二是利用发酵时的高温杀菌灭虫：三是防止有机肥在田间发酵伤苗。 
　　 
　　2.施用过多也有害 
　　有机肥料一般做基肥施用，其主要作用是恢复和增加因前茬作物消耗的地力，为下茬蔬菜生长发育全过程提供基本的养分。有机肥料虽有明显改良土壤、改善产品质量，减少病虫害等优势。不像化肥那样容易伤根烧苗，但也不能片面地认为有机肥施用越多越好。其施用种类、数量及施用方法因不同蔬菜种类而不同，对于大棚果菜类蔬菜，由于其生长期较长，一般各类有机肥施用量，达到斤果斤肥为适宜。如过量施用有机肥也会同过量施用化肥一样产生危害，造成土壤中缺水、供氧不平衡。从而使蔬菜作物发生肥害。其表现为蔬菜作物根部吸水困难，易发生烧根黄叶、僵苗不长、叶片畸形等病状，严重时蔬菜作物也会逐渐萎缩而枯死。