由于有机肥给土壤带来了大量的有机质、养分及微生物，改善了土壤的物理性质及生物化学性质，尤其是有机肥给土壤增加的大量微生物群，对提高土壤肥力及增强植物抗病性有非常显著的作用。

有机肥主要通过三种途径减轻作物病害：

一是肥料中的功能性微生物生长繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，抑制其它有害微生物的生长繁殖，甚至对部分有害病原菌产生拮抗作用，减少了有害微生物的危害机会。尤其是一些拮抗菌和腐生菌数量的增加能够有效的抑制病原菌，起到预防土壤病虫害的效果。

二是功能性微生物在生长繁殖过程中向作物根际土壤微生态系统内分泌各种代谢产物，这些代谢产物能够刺激作物生长，提高作物抵抗不良环境的能力。

三是有机肥营养元素全面，含有丰富的有机质、氮磷钾及微量元素，使作物植株生长健壮，具有良好的株型和合理的群体，增强作物的抗病性，减少病害的发生。

       当植物已经受到病虫害侵染时，通过施用有机肥料，可以增强土壤中微生物的活性，使其中的大量有益菌与病原菌之间展开激烈的营养竞争，而且有机肥料中会增加大量有益菌的种群数量，这样一来就使得有益菌在与病原菌之间的斗争中能够占得有利地位，而且微生物还有助于土壤中难溶性磷钾和微量元素的转化和释放，从而能够有效抑制病原菌孢子的萌发，也就减轻了土壤病虫害传播的进一步发生。

       有些研究认为，有机肥的浸提液能够产生抑菌作用，主要机理是其中含有某些特定微生物产生的抗生素物质，可以破坏病原菌菌丝细胞、厚垣孢子、卵孢子、孢子囊以及游动孢子。有机肥料中的大量有益微生物能够在病原菌菌丝上寄生，使病原菌的细胞破裂以致死亡，能够很好的抑制土壤病原菌的繁殖。